这是 Spectronaut 19 为应对现代大规模蛋白质组学分析挑战而提供的众多改进之一。
更新日志
1 directDIA 的重大改进
• 评分提高:基于大量且多样化的 DIA 数据集,平均蛋白质组增加 10%,前体增加 13%
• 量化提高:基于大量且多样化的受控定量实验,真实候选物增加 11%。
2 由 AI 提供支持
• 深度学习模型的关键性能指标提高高达 40%
• 可选择使用 deepQuant,这是一种基于深度学习的干扰校正算法
• 改进了对一系列修饰和标签(如二甲基化、泛素化、mTRAQ 等)的推理。
3 计算性能显著提高
• 与 Spectronaut 18.0 相比,directDIA 在 timsTOF 和 Astral 数据上的速度提高了 40%
• 减少了 directDIA RAM 使用量:内存增长减少了 90%。理论上,使用 directDIA plus
SNECombine 工作流程,512 GB RAM 即可处理 10,000 个
样本。
• Spectronaut 保存的实验 (.SNE) 文件大小减少了高达 80%
• 临时硬盘要求降低了高达 86%(来自 HTRMS 的 directDIA)
• 临时硬盘要求降低了高达 50%(来自原始供应商格式的 directDIA)
4 新的采集方法支持
• Bruker 的 timsTOF 平台上的 diagonal-PASEF 支持 directDIA 和基于库的分析
• 分析视角中 diagonal-PASEF 的新可视化
5 改进了对标记 DIA 工作流程的支持
• 增加了对运行级别通道 q 值的支持
• 在通道级别注释生物条件
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-Biognosys Confidential 6 用于分析翻译后修饰的新功能
• 通过将富集实验与非富集实验联系起来进行输入标准化
• 支持站点占用率计算
• 分析和后分析视角中的新可视化
7 改进的命令线路接口
• 新的 SNEMerge 选项便于批量或并行处理:将多个
SNE 文件合并为一个 SNE 文件
• 输入标准化的新选项
• 如果命令有错误,则立即退出
• 为每个管道使用具有明确选项范围的单独命令
• 增强了 POSIX 兼容性
8 个新的可视化和报告
• 洗脱组级别 EG.InputNormalizationFactor
• 洗脱组级别 EG.QuantityPerProtein
• PTM 位点报告 PTM.QuantityPerProtein
• PTM 位点报告 PTM.InputNormalizationFactor
• PTM 位点报告 PTM.Stoichiometry
• 新的 R.PTMSites 类别列出了每个 PTM 的所有已识别位点
• 肽与蛋白质数量图
• 分析后分析概述平均 PTM 本地化
• 实验设置中的样本链接页面
9 个新的和更改的分析设置
• [新] DIA 分析 PTM 工作流程 输入标准化策略
• [新] DIA 分析 PTM 工作流程 PTM 定位 化学计量学
计算策略
• [新] DIA 分析 定量 DeepQuant 校正 [测试版]
• [新] DIA 分析 工作流程 混合 (DDA + DIA) 库
• [新] directDIA Pulsar 搜索 加速 diaPASEF 处理 快速
• [新] directDIA Pulsar 搜索 识别 directDIA 工作流程 RT
采样减少
• [更改] Spectronaut 19 仅使用 MS2 定量进行差异丰度分析。
以前,默认同时使用 MS1 和 MS2