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脑功能成像分析软件 AFNI v23.2.10

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         AFNI是领先的脑功能成像分析软件!提供强大的功能和先进的技术来完成重要的分析和相关信息获取操作!能够在分析的整个阶段和流程中准确快速的查看和分析MRI脑图像!包括解剖/结构磁共振成像、在各种场强、弥散加权成像 (DWI)、用于 DTI 或 HARDI 建模和牵引
AFNI是领先的脑功能成像分析软件!提供强大的功能和先进的技术来完成重要的分析和相关信息获取操作!能够在分析的整个阶段和流程中准确快速的查看和分析MRI脑图像!包括解剖/结构磁共振成像、在各种场强、弥散加权成像 (DWI)、用于 DTI 或 HARDI 建模和牵引成像(使用 FATCAT 程序)、功能性磁共振成像 (FMRI)、静止状态基于任务或自然主义范式、单回波或多回波采集、体素或基于ROI的分析以及体积或基于表面的分析、便捷+高效的管道设计afni_proc.py,现在许多AFNI程序也被应用并适应了其他模式,例如ECoG,EEG,MEG等。AFNI可用于体积或表面分析,以及它们的组合,并已广泛应用于人类,NHP和其他物种的研究中。并且软件现在已经得到了广泛的应用,为提升效率和获得高质量结果带来强大的支持!

功能特色

1、AFNI内置函数 只是最明显的函数(AFNI的大部分“乐趣”来自找到不明显的函数):
在许多不同的数据集之间切换查看/分析。
轴向、矢状面和/或冠状视图(包括多图像蒙太奇)中的图像显示。
显示从图像查看器中提取的数据的图形(线和表面)。
来自图像查看器的正方形区域的时间序列图形。
链接图像/图形查看多个 3D 数据集(例如,链接滚动多个大脑)。
变换到塔莱拉赫坐标(12 子体积分段线性方法)。
使用“相关方法”计算激活图。
活化图的颜色叠加到更高分辨率的解剖图像上(低分辨率泛函的重采样是动态处理的)。
功能覆盖的交互式阈值。
2、命令行程序 这些程序
通常用于批处理脚本。它们将 3D AFNI 数据集作为输入,并计算新的 3D 数据集作为输出。然后可以使用交互式AFNI程序显示或进一步处理结果。
to3d -- 用于从图像数据创建 3D AFNI 数据集的程序。
3dmerge -- 对多个 3D 数据集进行平均或以其他方式合并的程序。
3dttest -- 对 3D 数据集进行逐体素 t 检验的程序。
3dANOVA、3dANOVA2 和 3dANOVA3 -- 这一系列程序在体素的基础上对一组 3D 数据集执行 1 路、2 路和 3 路方差分析检验。
3dRegAna -- 跨 3D 数据集集合的多元线性回归。
3dFriedman,3dKruskalWallis,3dMannWhitney和3dWilcoxon - 这一系列程序在体素逐体素的基础上对3D数据集集合进行各种非参数统计分析。
3d去卷积 -- 3D+时间序列的多元线性回归,包括线性反卷积,为每个体素找到理想的响应向量。
3dNLfim -- 3D+时间序列的非线性回归。非线性时间序列模型函数可以在 C 语言中编程,AFNI 源代码提供了 12 个示例模型函数。
3dDetrend -- 使用多元线性回归从 3D+时间数据集中的体素时间序列中删除不需要的分量。
3dTrelate -- 计算 2 个数据集之间的相关系数(体素)
3dcalc -- 通用3D数据集计算器程序。
3dTsmooth -- 用于平滑体素时间序列的程序。
3dTstat -- 用于计算体素时间序列统计信息的程序。
3dMean -- 用于计算数据集集合的平均值的程序。
3dFourier -- 沿时间轴对 3D+时间数据集进行傅里叶滤波的程序。
3dWavelet -- 沿时间轴对 3D+时间数据集进行小波过滤的程序。
3dfim -- 在 3D+ 时间序列上实现“相关方法”。
3dfim+ -- 在 3D+ 时间序列上实现“相关方法”,并提供许多其他输出选项。
3dclust -- 用于查找高于阈值的体素的空间连续簇的程序。
3dfractionize -- 用于将ROI掩模从一个网格间距重新采样到另一个网格间距的程序。
3dmaskave -- 用于计算由 ROI 掩码选择的体素统计信息的程序。
3dmaskdump -- 用于打印出由 ROI 掩码选择的体素值的程序。
3dUndump -- 用于从体素坐标和值列表创建数据集的程序。
3dROIstats -- 用于计算由掩码数据集定义的每个 ROI 集合的统计信息的程序。
3dOverlap -- 用于计算整个数据集集合中哪些体素为非零的程序。
3dpc -- 用于从多个 3D 数据集计算主成分的程序。
3ddot -- 用于计算两个 3D 体积之间相关系数的程序。
3dStatClust -- 根据参数向量的相似性(例如,来自 3dNLfim)将体素聚类在一起。
3drotate -- 用于旋转 3D 数据集中的体积的程序。
2dImReg -- 对 3D+时间序列进行 2D(切片)配准的程序。
3dvolreg -- 用于对 3D+时间序列进行 3D 体积配准的程序。
3dAnatNudge -- 尝试对齐 SPGR 和 EPI 数据集的程序。
3dTagalign -- 根据使用 plug_tag 手动设置的“标签”对齐 3D 体积的程序。
3dTshift -- 实用程序,用于将体素时间序列时移到同一时间原点。
3dTcat -- 将多个 3D+ 时间序列文件连接成一个的实用程序。
3dbucket -- 将 3D 体积连接成一个大“桶”的实用程序。
3dbuc2fim -- 从“存储桶”数据集中提取 3D 卷的实用程序。
3dhistog -- 用于提取 3D 数据集直方图的实用程序。
3dinfo -- 用于打印有关 3D 数据集的信息的实用程序。
3dNotes -- 实用程序,用于将注释附加到数据集头文件,并检索它们以供读取。
3drefit -- 用于编辑有关 3D 数据集的标头信息的实用程序。
3dZeropad -- 用于将零平面添加到 3D 数据集边缘的实用程序。
3dZregrid -- 用于将数据集插值为新切片厚度的实用程序。
3dZcutup -- 用于在切片 (z) 方向上切割数据集的实用程序。
3dZcat -- 用于在切片 (z) 方向上组装数据集的实用程序。
3dToutcount -- 用于计算 3D+time 数据集中“异常值”数量的实用程序。
3dTqual -- 用于测量 3D+时间数据集“质量”的实用程序。
3dTSgen -- 从非线性模型方程生成随机3D+时间序列数据集的实用程序;用于测试 3dNLfim 和其他分析代码。
AlphaSim -- 模拟纯噪声 3D+时间序列及其激活检测,以估计误报的概率。当此 p 值的分析估计值不可用时使用。
adwarp -- 将功能数据集重新采样到由解剖学“父项”定义的 Talairach 坐标网格。
3daxialize -- 将数据集中的切片重新定向为标准轴向顺序。
3d颅内 -- 从 T1 加权高分辨率解剖数据集中去除“头皮”。
3、以下实用程序使某些任务更容易:
waver -- 用于生成“理想”响应函数以用于相关方法(或其他回归分析)的实用程序。
1deval -- 用于计算一组均匀间隔时间点的算术表达式的实用程序。
1dplot -- 从 ASCII 文件中读取的一维数字数组的快速脏图。
1dfft -- 计算一维数字数组的 FFT。
1dcat -- 将 1D 文件连接成一个多列文件。
float_scan -- 用于扫描浮点文件以查找非法值(无穷大和 NaN)的实用程序。
2swap、4swap 和 24swap -- 用于交换字节对和四边形的实用程序;在具有不同“字节序”的计算机之间传输数据时很有用。
RSFgen -- 生成随机刺激时间序列函数。
3dAttribute -- 打印数据集标题中的信息。
3dClipLevel -- 估计剪切“空气”体素的值。
3dMINCtoAFNI -- 将 MINC 文件转换为 AFNI 数据集
3dAFNItoANALYZE -- 将 AFNI 数据集转换为 ANALYZE 文件
3drename -- 重命名 AFNI 数据集
3dcopy -- 复制 AFNI 数据集
4、交互式 AFNI 插件 
插件是一种无需修改核心软件即可向 AFNI 添加功能的方法。有一个 40 页的编程手册来帮助创建新插件。
plug_clust -- 3dclust的交互式版本。
plug_copy -- 创建数据集的副本(对于后续编辑/绘制很有用)。
plug_deconvolve -- 3dDeconvolve的交互式版本。
plug_delay_V2 -- 活动体素中时间延迟的希尔伯特变换估计。
plug_drawdset -- 将值绘制到数据集中(用于创建 ROI 掩码)。
plug_roiedit -- 帮助根据解剖结构选择 ROI。
plug_edit -- 3dmerge 的交互式版本(体素值编辑功能)。
plug_histog -- 绘制一个数据集 3D 数组的直方图。
plug_imreg -- 2D(切片)图像配准。
plug_lsqfit -- 时间序列数据的交互式线性最小二乘回归。
plug_maskave -- 3dmaskave 的交互式版本(来自 ROI 的统计数据)。
plug_nlfit -- 时间序列数据的交互式非线性最小二乘回归。
plug_power -- 来自 3D+时间序列的功率谱估计。
plug_realtime -- 实时图像采集、配准和激活图。(程序rtfeedme用于模拟实时成像,并将图像传输到此插件中以代替扫描仪。
plug_render -- 3D 数据集的体积渲染,带有彩色功能叠加。
plug_stats -- 计算 3D+ 时间序列的一些逐体素统计信息。
plug_tag -- 将“标签”放入数据集中,作为兴趣点的标记(参见 3dTagalign)
plug_volreg -- 3dvolreg(批量注册)的交互式版本。
plug_reorder -- 对 3D+时间数据集重新排序;可用于分析“事件相关”FMRI 数据。
plug_fourier -- 3dFourier的插件版本。
plug_fourier -- 3dFourier的插件版本。
plug_wavelets -- 3dWavelets的插件版本。
plug_notes -- 用于查看/编辑附加到数据集的文本注释的插件。

闪电小编说明:

用于处理、分析和显示功能性 MRI (FMRI) 数据的一组 C 程序,用于绘制人脑活动的领先技术,在Unix+X11+Motif系统上运行,加快您的项目研究和分析工作流程!

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