Primer Premier破解版是全面的PCR引物设计软件,新版本带来全新改进的搜索算法、自动序列检索、自动同源性和模板结构规避、评估预先设计的引物、手动引物搜索、编辑模板序列、序列视图、生成报告、本地和桌面 BLAST 选项、计算器以及数据和数据库管理等诸多功
Primer Premier破解版是全面的PCR引物设计软件,新版本带来全新改进的搜索算法、自动序列检索、自动同源性和模板结构规避、评估预先设计的引物、手动引物搜索、编辑模板序列、序列视图、生成报告、本地和桌面 BLAST 选项、计算器以及数据和数据库管理等诸多功能和优势,简单的用户界面,强大的功能,有需要的朋友不要错过了!
新功能
1、新改进的搜索算法
新改进的搜索算法。
自动避免同源性和模板结构。
序列视图,用于可视化序列上的引物。
新改进的图形用户界面。
2、自动序列检索
使用登录/GI 编号和检测 ID 从 GenBank 和 dbSNP 直接快速检索序列批次到程序中。使用多重检索工具,可以从本地驱动器加载序列。
3、自动同源性和模板结构规避
引物特异性可以通过执行BLAST搜索和从程序中搜索模板结构来实现。在设计引物时,会使用这两种检索的结果。在引物设计过程中,会自动避开表现出显著交叉同源性和模板结构的区域。
4、评估预先设计的引物
Primer Premier对预先设计的引物进行分析和评估,并对其进行排序,以便您判断引物与所需目标值的距离。如果您正在使用已发布或预先设计的经过充分验证的引物,此功能特别有用。还可以评估多达 5 个错配的引物。
对于特定的底漆,Primer Premier甚至可以设计出兼容的套装。例如,对于预先设计或发布的正向引物,Primer Premier可以找到符合所有设计标准的兼容反向引物。
您可以评估正向/反向引物或引物对,甚至无需输入模板序列。Primer Premier显示所分析寡核苷酸的所有特性,并以HTML或csv文件格式导出。对引物进行排序,使您能够判断它们与目标值的接近程度。
5、手动引物搜索
Primer Premier 可在用户手中完全控制底漆设计。使用手动引物搜索选项,用户可以单击模板序列上的任何核苷酸,以在他们选择的位置获得引物。Primer Premier设计了一种引物,其3'端位于该核苷酸上,并立即分析其性质。引物的长度也可以根据用户的方便增加/减少。对于诱变和克隆,此功能有助于在其他受限区域内获得最佳设计。Primer Premier能够沿着DNA序列“滑动”引物序列,实时显示其特性,使用户能够可视化定位寡核苷酸的最佳位置。
6、编辑模板序列
可以编辑模板序列。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改基底,以将感兴趣的位置归零。不需要的序列区域可以通过选择它们并单击“删除”来删除。该程序还允许用户为序列添加注释或注释以供将来参考。
7、序列视图
所选序列可以以每块 3 或 10 个碱基、单链或双链进行查看。设计引物有标记,意义引物为蓝色,反义引物为红色。选定的 SNP 标记为粉红色。同源区域以黄色突出显示,参与模板结构的碱基带有下划线。您可以将“序列视图”与引物设计结果一起导出为csv或HTML格式。
8、生成报告
您可以为实验室笔记本和与同事共享信息而设计的检测创建演示质量报告。该报告可视化了引物在序列上的位置,包括替代引物的列表,显示引物、扩增子和序列属性以及引物设计程序使用的设计参数。
9、本地和桌面 BLAST 选项
您可以使用“本地”和“桌面 BLAST”选项针对本地自定义数据库对序列进行 BLAST。在计算机上创建文本或 FASTA 格式的序列数据库,然后从 Primer Premier 中打开查询序列。然后将结果用于引物设计。如果您不想在 Internet 上提交数据,或者您正在处理未发布的信息,则此支持特别有用。
10、计算器
内置计算器可计算 GC%,显示碱基计数,并使您能够获得互补和反向互补链。
11、数据和数据库管理
可以创建多个项目。通过为每个实验创建单独的项目,可以轻松管理多个实验的数据。维护序列信息和搜索结果的本地数据库。
功能特色
1、标准PCR检测的引物设计
Primer Premier是设计和分析PCR引物的最全面的软件。
Primer Premier的搜索算法使用最近邻热力学算法找到具有最精确熔解温度的最佳PCR、多重和SNP基因分型引物。在按排名顺序报告最适合您的序列的引物之前,将筛选引物的二级结构、二聚体、发夹、同源性和物理性质。配备方便的计算器,您可以轻松操作序列并分析引物设计结果。
从NCBI加载目的基因,选择搜索范围,坐下来让Primer Premier为您挑选最佳引物。
2、SNP基因分型检测的引物设计
使用Primer Premier,您可以从dbSNP加载序列,并选择在SNP两侧设计引物。也可以通过在标准GenBank/dbSNP文件中将它们指定为变体特征来加载数百个未发布的SNP。指定SNP后,可以设计引物以扩增它们,以便使用基于探针的化学方法进行检测。
3、多重检测
对于多重实验,Primer Premier使您能够在批处理
模式下启动引物搜索,然后检查所设计引物的交叉反应性,从而减少假引物。
4、自动同源性和模板结构规避
Primer Premier可自动解释BLAST搜索结果,并避开这些区域,以设计与数据库具有显著交叉同源性的引物。这些同源区域在序列视图中突出显示,并在引物搜索过程中避免使用。
由于在延伸温度下存在模板结构,引物延伸可能会受到阻碍。为了避免模板可能自行折叠的所有此类区域,该程序利用专有算法在您指定的折叠温度下检查模板内可能的二级结构。在序列视图中,涉及二级结构形成的区域带有下划线,并且在设计引物时应避免使用。
避免同源区域使寡核苷酸具有高度特异性,避免模板结构可提高设计引物的效率。
5、手动引物搜索
Primer Premier为用户提供了对引物设计的完全控制。使用手动引物搜索选项,用户可以选择模板序列上的任何位置来设计义引物或反义引物。Primer Premier可立即计算并显示新引物的特性。然后,用户最终选择的引物将显示在主窗口的序列视图中。
6、编辑模板序列
模板序列是可编辑的,可以由用户更改。可以使用标准的剪切/复制/粘贴功能修改基底。可以使用“删除”按钮删除不需要的序列区域。用户可以对序列进行注释或注释,并保存以备将来参考。
安装激活教程
1、在本站下载并解压,如图所示
2、安装程序,勾选我接受协议
3、安装目录设置
4、用 Crack\RMToolkit.jar 替换 C:\Program Files (x86)\Primer Premier 6.0\http\Dwww.premierbiosoft.com\P80\DMIUpdater\DMPP\DM600 目录下的 RMToolkit.jar
闪电小编说明:
Primer Premier的搜索算法使用最近邻算法找到具有最准确熔解温度的最佳PCR、多重和SNP基因分型引物。筛选引物的二级结构, 二聚体、发夹、同源性和物理性质,然后按排序顺序报告最适合您的序列的二聚体、发夹、同源性和物理性质。从NCBI加载目的基因,选择搜索范围,坐下来让Primer Premier选择最佳基因 为您准备的入门产品。