使用帮助
主要用于使用SHELXL精制大分子的问题
1、为SHELXL 创建.hkl输入文件的最佳方法是什么？
答：许多商业系统（例如Bruker APEX2 / PROTEUM2）可以直接创建此文件。如果您使用SHELXC / D / E或hkl2map来解决结构，则会将此文件作为副产品获取。如果你只有.mtz文件，请务必保持强度并在CCP4中设置free-R标志。然后你可以使用TimGrüne的mtz2hkl制作.hkl文件。如果.mtz文件中没有强度 ，mtz2hkl可以生成包含F值而不是强度的.hkl文件，但是在读取文件时必须小心指定。另见Q21。
2、如何为SHELXL 设置第一个.ins文件？
答：您必须使用SHELXPRO（SHELX-97的一部分）中的“I”选项，直到更好的程序准备就绪。然后，您需要自己添加除20种标准氨基酸以外的残留物的限制。
3、我在哪里可以找到合适的几何约束？
答：一个好的开始是CCP4单体库。更好的是，Dale Tronrud设置了一个 cdl_shelxl Web服务器，可以读取PDB文件并输出改进的构造依赖DFIX， 党 和 CHIV限制SHELXL蛋白质的改良。有关详细信息，请参阅Tronrud和Karplus， Acta Cryst。 D67（2011）699-706。对于小分子， PRODRG Web服务器 可以生成SHELXL格式的几何约束。Global Phasing GRADE Web服务器可能提供最准确的约束，也可以直接以SHELXL格式创建它们（DFIX， 党 和 平面）。这些约束可以插入 .ins文件或写入单独的文件，并使用SHELXL .ins文件中的'+ filename'或'++ filename'选项读入。
4、如何在SHELXL细化后观察电子密度？
答：运行SHELXL细化列表6，然后较新版本的Coot将能够读取生成的.res和.fcf文件并显示地图。不幸的是，如果您使用Coot编辑模型并尝试将其写入.ins文件以进行下一个SHELXL细化作业，则几乎肯定需要进行一些手动编辑。TimGrüne的shelx2map可用于将.fcf文件转换为PYMOL可以读取的CCP4格式映射（以及来自SHELXL 的.pdb文件）。这是获得包含电子密度的出版物质量图的推荐方法。
5、我如何计算标准偏差？
答： 这需要全矩阵细化。通常只需要坐标中的esds和派生的几何参数。精炼后与之融合CGLS，单周期的全矩阵细化（LS 1）仅针对坐标执行（BLOC 1），删除所有几何约束和零移位乘数（DAMP 0 0）。可能需要微调内存分配-一个 和 -b运行时标志。对于非常大的结构，可能需要使用由定义的重叠块进行几个细化周期集团说明。为了获得各种几何参数的esds，考虑完整的相关矩阵， RTAB， MPLA， 键 和 HTAB可能用过了。.lst文件中原子名称下面出现的数字是Ångstroms中的径向原子位置esd。
6、如何在对称元素上生成约束？
答：您需要指定一个EQIV 指令，然后参考对称生成的原子使用 _ $ 1 例如，如果Cys29的SG与其对称等效物的二硫键被（0.5，y，0.5）的晶体双轴一分为二，则需要指定：
EQIV $ 1 1-x，y，1-z DFIX_29 2.031 SG SG_ $ 1 DANG_29 3.035 CB SG_ $ 1 SG CB_ $ 1
7、我什么时候应该加氢？
答： 使用添加氢HFIX 要么 AFIX改进了模型，不添加任何额外的参数。最好在添加氢之前对模型进行模拟，因为程序将正确添加无序氢（！）。然而，不建议在-OH基团（Tyr，Ser和Thr）中加入氢， 因为（a）它们对R值几乎没有影响，（b）程序难以准确预测其位置， （c）如果程序意外地将两个氢分配到相同的H键，然后使用骑行模型进行精炼 （AFIX 83）打开防撞击限制（BUMP），氢之间的排斥可能会在结构中引入机械变形。应将氢单独添加到组氨酸的环N原子中，考虑可能的H-键和金属配位（或省略）。向蛋白质中的C和N原子添加氢通常会使R1和R1（游离）减少相同的量，通常为0.5至1％。使用精确的小分子数据，下降可以大得多。
8、当我添加氢时，程序说：
** BAD AFIX CONNECTIVITY：CB_21 BONDS TO CA_21 **。我该怎么办？
答：该计划无法将氢添加到CB_21，因为侧链的其余部分缺失。当侧链的其余部分没有密度时，这是推荐的过程，但是有必要添加一条指令：HFIX 0 CB_21 在冒犯之前 HFIX指示关闭仅为此特定残留物添加CB氢。类似的错误消息也可能由不良几何导致连接数组中的错误导致，这些可以通过更正自由 和/或 BIND 说明。
9、加入氢后，SHELXL抱怨：
** BAD AFIX连接：N_1 BONDS到CA_1 **。怎么了 ？
答：该计划正试图将终端N变成酰胺而不是-NH3+，它不起作用，因为它只与一个原子键合。包括HFIX 33 N_1 在另一个之前 HFIX说明。该程序始终适用于第一个 HFIX 这适合于给定的原子。
10、C末端是否需要特殊限制？
答：是的。通常C-末端是羧酸盐（-CO2-）具有相等的CO键长度，如Glu或Asp侧链的末端。然后最好将这些原子命名为OT1和OT2（以便不应用通常的限制）并添加适当的额外限制，例如
DFIX_129 1.249 C OT1 C OT2 DANG_129 2.194 OT1 OT2 DANG_129 2.379 CA OT1 CA OT2
11、模拟无序侧链的最佳方法是什么？
答：用Coot看地图，看看哪个是第一个无序原子（比如CG）。然后返回一个原子（到CB）并放一个 第1部分10.66 在它和之前 第0部分在侧链的最后一个原子之后。运行另一个改进工作并再次查看密度，第二个构造现在应该更加清晰，并且应该可以将它与Coot拟合。您可能必须移除一个或两个试图模仿第二个构造的水。添加 0.66 到最后 FVAR 为第一个组件的占用引入一个新的自由变量的指令（比如fv（5）），改变 部分 第一个组件之前的指令 第1部51 并插入一条指令 第2 -51部分在第二个组件之前（也应该从CB开始）。然后，第二组分中的原子都具有1-fv（5）的占有率。fv（5）将从0.66的起始值进行细化，这可能是一个很好的第一近似值。在以正常方式添加氢之前，最好这样做HFIX这样就会自动考虑到这种疾病。通常，原子在不同部分 应该具有相同的名称，并且约束将适用于两种构造 部分考虑到了。如果两种（或更多种）组分在化学上不同，则应给它们不同的名称。然后可以使用这些名称为仅一个组件添加适当的约束。
12、我有一种环状蛋白，其中N_1与C_99形成正常的肽键。我如何说服该程序将肽限制应用于这些残留物？
答：只需改变 RESI 残留物1的说明（比如说 RESI遇到1） 至 RESI遇到1 100。第二个残留数是别名。该_ + 和 _-连接相邻残基中原子的束缚使用的算子适用于残基数及其别名（如果有的话）。相同的技术可用于桥接序列中的缺失; 插入是可能的，但更棘手（不仅仅是SHELXL！）。
13、Rfree在各向异性上仅下降0.2％，但地图要好得多。当然我应该继续各向异性细化？
答：不！回到各向同性。Rfree下降0.2％通常不显着，因为Rfree使用相对较少的反射。保持R和Rfree之间的差距尽可能小也很重要。你的地图看起来“更好”，因为它们看起来更像你的模型 - 这就是过度拟合（或模型偏见）的全部意义！
14、是否有可能读取部分结构因素，例如，对于比SHELXL提供的原始Babinet模型更复杂的溶剂模型？
答：是的。使用ABIN读取包含h，k，l 的.fab文件以及计算出的结构因子的实部和虚部，以获得更好的溶剂模型（您可能需要编写一个小程序来生成此文件）。ABIN允许为这些贡献细化单独的比例和B因子。这甚至适用于孪生结构（.fab文件应仅针对一个组件计算）。
15、如何生成欧米茄角的直方图？
答：一个实用的解决方案是在最后一个.lst文件中取出“二面角OMEG”后面的表格，将其 粘贴到另一个文件中，然后使用gnuplot或某些Office软件制作直方图。不是很优雅，但它的工作原理。
16、Molprobity和PDB不喜欢SHELXL的氢原子名称，并抱怨-CH的“手性”2- 团体！
答：没有氢的 沉积结构 （WPDB 2）！如果您需要将氢用于其他目的，可以使用MolProbity以常规名称再生它们。SHELXL不喜欢以数字开头的原子名称，因此不能使用这些原子名称。
17、Coot可以正常使用SHELXL-97 的.fcf文件，但无法读取新SHELXL中的文件！？
答： IUCr CIF委员会弃用了'_symmetry_equiv_pos_as_xyz'并将其替换为'_space_group_symop_operation_xyz'，因此必须在.cif和.fcf文件中使用新名称。许多读取这些文件的程序（包括Coot，CIFTAB / XCIF，PLATON，CheckCIF等）都被作者迅速修改，以了解这两个名称。当然，较旧版本的Coot等不了解新名称。请下载最新版本的Coot，这个问题就会消失。这只是CIF定义不必要的变化导致的巨大混乱和浪费时间的一个例子！
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